در بابل و جاهای دیگر، مدارک فراوانی در ارتباط با تسامح کوروش در امور دینی بدست آمده و هیچ نشانه‌ای از تعصب وی به دین ملی‌اش دیده نشده‌است.درباره? اینکه کوروش چه دینی داشت، اختلاف نظر وجود دارد و احتمالاً کوروش خود می‌بایست پرستنده? اهورامزدا بوده‌باشد، اگرچه تقریباً هیچ چیزی درباره? باورهایش نمی‌دانیم. مطابق با گزارش گزنفون، کوروش در بارگاهش پیرامون مسائل دینی از رهنمودهای مغان پیروی می‌نمود. اگرچه بسیاری از پژوهشگران، کوروش را زرتشتی نمی‌دانند، مری بویس قویاً استدلال می‌کند که کوروش خود یک زرتشتی بود که چنان پا جای پای نیاکان خود می‌گذارد، نیاکانی که از سده? هفتم پیش از میلاد هنوز پادشاهان کوچکی در انشان بودند. او خاطرنشان می‌سازد که آتشکده‌ها و نیایشگاه‌های پاسارگاد حاکی از عمل به آیین‌های زرتشتی‌است و متن‌های یونانی نیز به عنوان شاهد آورده‌اند که مغان زرتشتی جایگاه‌های ارزنده‌ای در دربار کوروش داشته‌اند.لوییس گری عقیده دارد که کوروش دقیقاً پیرو آئین ایرانیان‏ باستان قبل از گاتاهای زرتشت و بازمانده? آن در اوستای جدید بود و خدایانی که مورد تکریم کوروش بودند، با اهورامزدا، میترا، آذر و آناهیتا، قابل تطبیق هستند. وی معتقد است دین کوروش به آئین ارائه‏شده در اوستای جدید نزدیک‏ بوده و دلیلی برای زرتشتی دانستن او وجود ندارد. در برابر، پژوهشگرانی همچون جورج کامرون و والتر هینتس عقیده دارند که زمان زندگی زرتشت مابین سال‌های 660 تا 582 پیش از میلاد بوده و کوروش در این مدت، حتی با زرتشت دیدار هم داشته و پیرو دین زرتشتی بوده‌است و دلیل این استدلال را آتشدان‌های ساخته‌شده در فضای آزاد و برج نگهداری آتش در پاسارگاد می‌دانند. ماکس مالوان می‌گوید که تاکنون هیچ مدرکی بدست نیامده که بر پایه? آن بتوان گفت، کوروش زرتشتی بوده‌است ولی رفتار او با آموزه‌های زرتشت و اصول دین او نقاط مشترک بسیاری دارد و شاید از دین زرتشتی تأثیر پذیرفته باشد.